A organização administrativa da Igreja do Evangelho Quadrangular no Brasil da-se pela seguinte forma: O Conselho Nacional de Diretores da Igreja do Evangelho Quadrangular é o órgão responsável pela administração, decisões e determinações da denominação no Brasil. Na administração da Igreja, é auxiliado pelas Secretarias e Coordenadorias Nacionais, pelos Conselhos Estaduais, Superintendentes e Diretores de Campo.